生物反應器是指利用酶或生物體所具有的特殊功能，在體外進行生物化學反應的裝置系統，它是生物反應過程中的關鍵設備。生物反應器具有成本低、設備簡單、效率高、產品作用顯著、減少工業污染等優點。
研究得最多的兩種生物反應器是“升降機型反應器”和“土壤泥漿反應器”。升降機型反應器是通過水相的流動來提供適當的營養、碳源和氧氣，從而達到降解土壤中污染物質的目的。與固相系統相比，生物反應器能夠在更短的時間內將污染物進行有效降解。該生物反應器技術已經應用于有機污染土壤的生物修復中。
生物反應器的類型：
生物反應器有很多種，按照不同的分類角度可以分為各種類型。
按照反應器內流型分：理想反應器(包括柱塞流反應器、全混流反應器)、非理想反應器。
按照操作方式分：連續式反應器、半連續式反應器、間歇反應器。
按照結構特征分：罐式反應器、管式反應器、塔式反應器、膜反應器。
按照反應器內相態分：均相反應器、非均相反應器。
按照生物反應器內有機體種類分：微生物反應器、植物細胞反應器、動物細胞反應器、酶反應器。
按照反應器內氣液混合方式分：機械攪拌混合反應器、泵循環混合反應器、直接通氣混合反應器、連續氣相反應器。
按照是否通氧分：通氣發酵設備、嫌氣發酵設備。
